Данный способ основан на том, что рост растений и водорослей в аквариуме ограничен доступными макро- (нитраты, фосфаты, калий) и микро-удобрениями (железо и т.д.). Причем, согласно закону Либиха (кажется его), рост растений ограничивается одним элементом, т.е. если в аквариуме в недостатке железо, то избыток нитратов и т.д. не вызовет рост растений, а в тоже время, эти избыточные вещества будут доступны водорослям.

При наличии в достаточном количестве питательных веществ, света, углекислого газа высшие растения способы опередить водоросли в борьбе за питательные вещества (в особенности фосфор), что приводит к гибели водорослей.

Из двух макроэлементов наиболее важными являются нитраты и фосфаты. Если в аквариуме плохая фильтрация и его не чистить, то в воде находится много органики, вызывающей рост водорослей, таких как сине-зеленые. Однако, и при хорошей био-фильтрации в аквариуме в избытке находятся фосфаты и нитраты. Эти вещества получаются в результате жизнедеятельности рыб (которые выделяют аммиак и аммоний, преобразуемый в нитраты при био-фильтрации) и из веществ, находящихся в корме рыб.

Фосфаты, даже при небольших концентрациях (0.5-1 mg/l) приводят к росту водорослей. Поэтому наиболее устойчивый аквариум. если в нем рост растений (и водорослей соответственно) ограничивается фосфатами. Растения способны усваивать даже мельчайшие количества фосфатов, лишая их водорослей. Как показывает практика, если аквариум ограничен нитратами, железом или калием, то в такой системе неизбежно появятся водоросли, поскольку растения не смогут усваивать органику из воды.

На этом основан способ биологической борьбы с водорослями - путем поддержания оптимального баланса удобрений, света и СО2.

На этих же принципах основан и способ эффективной био-фильтрации аквариума с использованием растений.