Существуют несколько химических средств для борьбы с водорослями. Большинство из них адаптированы из рыбоводства, где приходится бороться с зарастанием прудов. Пример - симазин, выпускающийся под различными марками для аквариумов.

К сожалению, эти препараты действую на разные водоросли по-разному и не всегда бывают эффективными. К тому же, эти препараты оказывают свое негативное действие и на растения, вызывая гибель некоторых растений. Таких как кабомба или валлинснерия, в случае использования симазина, который влияет на процесс фотосинтеза.

Главным недостатком этих препаратов является то, что они не устраняют причин появления водорослей (избытка питательных веществ для водорослей в воде) и, соответственно, они появятся снова из спор. Использование этих препаратов может рекомендовано, как последнее доступное средство, в случаях, когда необходимо быстро избавиться от водорослей и затем продолжать борьбу биологическим путем, как описано ниже.

Другими способами являются обеззараживание растений в хлорке. Некоторые используют перекись водорода для борьбы с некоторыми видами водорослей.